居住在「東京住宅區」的主角「澄野拓海」，與家人和青梅竹馬「嘉琉亞」一起，原本過著一成不變的平凡生活。

然而，那樣的日常生活卻突然告終。

當住宅區遭烈焰燒燬、怪物來襲時，一名自稱指揮官的神祕吉祥物「SIREI」，將可發動特殊力量的「我驅力刀」交給澄野拓海。

為了守護嘉琉亞，拓海依照SIREI所說的，將我驅力刀刺入自己的心臟。

當他醒來時，已經身處被「不滅之火」包圍的「最終防衛學園」。

被召集到此處的15名學生，由SIREI任命為「特別防衛隊」。

他們必須抵禦來襲的神祕敵人「侵校生」，守衛學園100天。

為了重新回歸曾經的平靜日常，籠罩在絕望中的100天學園生活正式拉開序幕──